二、正宗分
【经文】佛告曼殊师利：“东方去此，过十殑伽［１］沙等佛土［２］，有世界名‘净琉璃’，佛号‘药师琉璃光如来［３］、应［４］、正等觉［５］、明行圆满［６］、善逝［７］、世间解［８］、无上士［９］、调御丈夫［１０］、天人师［１１］、佛［１２］、薄伽梵。
【注释】１、殑伽：古水名，即今恒河。２、佛土：又作佛国、佛国土、佛界、佛刹。指佛所住之处，或佛教化之国土。３、如来：佛十号之一。如者真如也，乘真如之道从因来果而成正觉之故，名为如来。４、应：又称应供，如来十号之一。智德圆满，应受人天供养之义。５、正等觉：又称正遍知。真正遍知一切法；真正普遍平等的觉悟。６、明行圆满：又称明行足，如来十号之一。明，即阿耨多罗三藐三菩提；行足，即戒、定、慧等；佛依戒、定、慧而得阿耨多罗三藐三菩提，故称明行足。７、善逝：如来十号之一。即如实去往彼岸，不再退没于生死大海。“逝”即“去”的意思，即“证入涅盘”。小乘圣者不顾众生，自入涅盘，是“逝”而不善；佛陀不离生死而证菩提、不舍众生而入涅盘，故名“善逝”。８、世间解：如来十号之一。善解世间，名世间解。９、无上士：如来十号之一。如来之智德，于人中最胜，无有过之者，故称无上士。１０、调御丈夫：如来十号之一。谓能调御一切可度的丈夫，使他们发心修道。１１、天人师：如来十号之一。六趣中的天与人无不以佛为教师，故称天人师。１２、佛：觉者，智者。觉有觉察觉悟二义，觉察烦恼，使不为害，谓之觉察，是名一切智。觉知诸法之事理，而了了分明，谓之觉悟，是名一切种智。自觉复能觉他，自他之觉行圆满，名为佛。
【直译】佛陀告诉文殊师利菩萨：“从此向东，经过如十条恒河的沙子数那么多的佛国，有一个世界名叫‘净琉璃’；这个世界的佛名叫‘药师琉璃光如来、应供、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、世尊。’
【解说】药师琉璃光如来。佛的十种尊号，通于十方三世诸佛，称之为通号。药师琉璃光，是佛的别号，特指药师佛。印度的恒河河水中的沙子细小，数量众多，佛陀说法时，常用恒河里的沙粒数量形容数量非常多。
【经文】“曼殊室利，彼世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道［１］时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
【注释】１、菩萨道：菩萨所修之道，亦即自利利他。
【直译】“文殊师利，东方净琉璃世界世尊药师琉璃光如来因地修菩萨道时，曾发十二大愿，以使所有的众生，所求皆能如愿。
【解说】发愿即是立志，发起誓愿。总指发求佛果菩提之心，是通愿，如四弘誓愿；别指完成净土，以救济众生之心，是别愿，如药师十二大愿。本经十二大愿是药师佛因中修行所发的别愿，成佛后本愿功德实现的目标是令诸有情，所求皆得。
佛不能创造生命，但可以创造国土世界。世界的构成因缘有很多，众生业力可以使一个世界产生，诸佛菩萨神通愿力也可以作为佛国世界的成因，如西方极乐世界即为阿弥陀佛圆满四十八大愿而创立。诸佛或者建立自己的净土教化众生，或者随顺众生业力，如释迦牟尼佛到众生业报土娑婆世界教化众生。是否建立自己的净土世界完全在于诸佛在因地时所发之愿，东方净琉璃世界就是药师如来因地发十二大愿，圆满后而成。
【经文】“第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提［１］时，自身光明炽然［２］，照耀无量无尽无边世界［３］，以三十二大丈夫相、八十随形庄严［４］其身，令一切有情，如我无异。
【注释】１、阿耨多罗三藐三菩提：意译无上正等正觉、无上正等觉、无上正遍知。是真正平等觉知一切真理的无上智慧。２、炽然：本意猛烈地燃烧，此处表示明亮。３、世界：世，即迁流义；界，指方位。即于时间上有过去、现在、未来三世之迁流，空间上有东、南、西、北、上、下十方等定位场所。即指众生居住之所依处。又名世间。４、庄严：以善美饰国土或以功德饰依身。
【直译】“第一大愿：愿我在未来世，成就无上正等正觉的时候，自身放大光明，照耀无量无边、无穷无尽的世界；以三十二种殊胜的大丈夫相、八十种细微精妙的好相，来庄严佛国内一切有情众生，让他们都与我一样光明相好，没有任何差别。
【解说】生佛平等愿。药师琉璃光如来，因中行菩萨道时，所发的第一个大愿，就是自己成佛后，度化一切有情成就佛道，并用佛身的光明和相好照耀庄严众生，令佛国众生皆具三十二大丈夫相（足安平相、千辐轮相、手指纤长相、手足柔软相、手足缦网相、足跟满足相、足趺高好相、腨如鹿王相、手过膝相、马阴藏相、身纵广相、毛孔生青色相、身毛上靡相、身金色相、身光面各一丈相、皮肤细滑相、七处平满相、两腋满相、身如师子相、身端直相、肩圆满相、四十齿相、齿白齐密相、四牙白净相、颊车如师子相、咽中津液得上味相、广长舌相、梵音深远相、眼色如金精相、眼睫如牛王相、眉间白毫相、顶肉髻成相），八十种细微精妙的好相（一指爪狭长、二手足指圆、三手足各等无差、四手足圆满、五筋脉盘结、六两踝深隐、七行步正直、八行步威容齐整、九行步安平、十行步有仪、十一回身顾视、十二支节殊胜、十三骨节交结、十四膝轮圆满、十五隐处妙好、十六身支润滑、十七身容敦肃、十八身支坚固、十九身支安定、二十身相端严、二十一身有圆光、二十二腹形方正、二十三脐深右旋、二十四脐厚妙相、二十五肌肤匀净、二十六手掌充满、二十七手文深长、二十八唇色红润、二十九面门圆满、三十舌相长广、三十一发声威震、三十二音韵美妙、三十三鼻高修直、三十四诸齿方整、三十五诸牙明洁、三十六目广清净、三十七眼相修广、三十八眼睫齐整、三十九双眉修长、四十双眉绮靡、四十一双眉高朗、四十二耳厚修长、四十三两耳相好、四十四容仪端丽、四十五额广圆满、四十六身分殊胜、四十七首发修长、四十八首发香洁、四十九首发齐整、五十首发坚固、五十一首发光滑、五十二身分坚实、五十三身体庄严、五十四诸窍清净、五十五身力充美、五十六身相严好、五十七面轮修广、五十八颜貌舒泰、五十九面颜光泽、六十身支严净、六十一毛孔出香、六十二面门出香、六十三首相妙好、六十四身毛纤柔、六十五法音圆辩、六十六顶相高妙、六十七指网分明、六十八行不履地、六十九神力自持、七十威德远震、七十一音声和雅、七十二观机说法、七十三一音演说、七十四次第说法、七十五等观有情、七十六先观后作、七十七相好具足、七十八顶骨坚实、七十九颜容奇妙、八十胸臆妙好），与药师佛无异无别。
一切众生皆有佛性，只因无明所覆，不能显发，所以药师如来希望以佛光净除众生烦恼的尘垢，修行成佛。
【经文】“第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃［１］，内外明彻，净无瑕秽［２］；光明广大，功德巍巍［３］，身善安住，焰网庄严过于日月。幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣［４］，作诸事业。
【注释】１、琉璃：青色宝石。其最大特色是具有“同化”的性质，即任何接近琉璃之物，皆被琉璃之色所同化。２、瑕秽：玉的斑痕，杂质。比喻事物的缺点，人的过失或恶行。３、巍巍：崇高伟大。４、趣：众生所往之国土。即众生以自己所作之行为（业）所导趋来生之生存或生存世界。
【直译】“第二大愿：愿我来世证得无上菩提时，身体犹如琉璃，内外通体透明清澈，毫无瑕疵；所放光明，广大无边；所成就的功德，崇高而伟大；佛身安然，凝住不动；万丈光芒交辉相映，交织成光焰之网，光明胜过日月。处于黑暗当中的恶道众生，遇到佛光以后，都能够开发出心中的光明智慧，随它们的愿望而自在投生，并且能够成就它们所希望的事业。
【解说】开晓事业愿。第一大愿着重于佛陀的法性身，显示生佛平等。本愿则着重在从法性而起应化身，开晓众生，是药师佛特有之愿，是希望证得正等正觉时，外在的身相光明，内在的智慧光明，其功德之光明广大，发出的光焰炽烈，互相映照，结成光网，照耀无量无边众生。药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦。一光焰照一一光焰，一一光焰照一光焰，光光相映。药师如来所应化的琉璃光身，善于安住于光辉灿烂的焰网之中，其光明，超过于日月之辉，住在黑暗世界的众生，受到佛光的照耀，照破众生内心无明烦恼和外在的一切黑暗，幽冥众生悉蒙开晓。令众生随各人的善根福德因缘，成办各自的事业，
【经文】“第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧［１］方便［２］，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。
【注释】１、智慧：智与慧。决断曰智，简择曰慧。或明白一切事相叫做智；了解一切事理叫做慧。２、方便：方即方法，便即便宜。此处指通于权道之智。
【直译】“第三大愿：愿我来世证得无上菩提时，能用无量智慧和方便，使一切众生悉皆丰衣足食，生活所需充裕，毫无匮乏。
【解说】无尽资生愿。用合适的方式，巧妙度化众生，这就是方便施设。智慧是方便的本体，因智慧而生方便；方便是智慧运用，因方便而显现深广之智慧。药师如来用无量智慧和方便令众生衣食丰足，所有资生受用无有缺乏。
【经文】“第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道［１］者，悉令安住菩提道中；若行声闻［２］、独觉［３］乘者，皆以大乘［４］而安立之。
【注释】１、邪道：非理之行法。２、声闻：闻佛说四谛法之音声而悟道者。３、独觉：又名缘觉，或辟支佛。于无佛之世，自己觉悟而离生死者。４、大乘：音译摩诃衍那、摩诃衍。乘，指交通工具。大乘系指能将众生从烦恼的此岸载至觉悟的彼岸之教法。
【直译】“第四大愿：愿我来世证得无上菩提时，若有众生，修行邪道，我当悉皆使其舍邪归正，坚持修行无上菩提；如果有人，修行声闻、独觉等小乘之法，我当悉皆引导他们归向大乘，永不退转。
【解说】安立大道愿。有佛之世，听闻佛的声教而觉悟者，叫做“声闻”。无佛之世，通过观察花开花落等自然景象而觉悟者，称为“独觉”，又叫“缘觉”。声闻、独觉追求的都是自我解脱，所以叫做“小乘”。而菩萨在追求自我解脱的同时，普度众生，愿与众生同得解脱，所以叫做“大乘”。
第二、第三大愿着重在事业与物质的受用。第四大愿则特别着重于正知正见的具足，希望不信因果而造作种种恶业，向于三恶道的众生，都能舍离邪道，得闻佛法，修习戒定慧。又愿声闻、独觉行者都能回小向大，会三归一，入于究竟的大乘。
【经文】“第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行［１］，一切皆令得不缺戒［２］、具三聚戒［３］；设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣［４］。
【注释】１、梵行：梵者清净之义，断淫欲之法为梵行，即梵天之行法，修梵行则生梵天。又菩萨无空有二边爱着之染，名之为净；以此净心，运于慈悲，与众生乐，拔众生苦，故名梵行。２、戒：即禁戒，防非止恶之意。３、三聚戒：又称三聚净戒：即摄律仪戒、摄善法戒、摄众生戒。摄律仪戒是遵守佛法不作诸恶；摄善法戒是奉行一切之善；摄众生戒是广修一切善法以利益众生。４、恶趣：趣谓所往。众生以恶业之因而趣之所，即地狱恶鬼畜生等。
【直译】“第五大愿：愿我来世证得无上菩提时，若有无量无边众生，于我正法之中修行清净梵行，我当使其圆满受持一切戒法，无有缺漏，具足三聚净戒；如有毁犯，若能听闻我名（一心称念不忘，恳切忏悔），即能恢复清净，不堕恶道。
【解说】戒行清净愿。一至四愿是“与乐”，此愿以下是“拔苦”。从广义而言，凡善恶习惯皆可称为戒，如好习惯称善戒（又作善律仪），坏习惯称恶戒（又作恶律仪），一般指净戒（具有清净意义之戒）、善戒，特指为出家及在家信徒制定的戒规，有防非止恶的功用。三聚净戒是大乘菩萨戒，又叫“菩萨三聚戒”：一、摄律仪戒：断除一切诸恶，为七众所受之戒，包括五戒、八戒、十戒、具足戒等。此戒为法身之因。法身本自清净，由于诸恶覆盖，故不得显现；若离断诸恶，法身自然显现。二、摄善法戒：即“修习一切善法”。此戒乃报身之因。因为能够止恶修善，故得成就报身之佛。三、摄众生戒：又叫“饶益有情戒”，即以慈悲之心，摄受利益一切众生。
众生受持戒法，关闭诸恶门，成就诸善法。如果一时不能圆满持守净戒，有所毁犯，只要听闻药师如来圣号而如法忏悔，就能不堕恶趣。
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